As alergias ou reações de hipersensibilidade são respostas imunológicas exacerbadas geradas pela exposição à um determinado antígeno (partículas ou substâncias estranhas ao organismo), que resulta em reação inflamatória e/ou dano tecidual.

O diagnóstico de alergia tem passado por uma verdadeira revolução, tanto pelo desenvolvimento do método para IgE específica (anticorpo presente em baixa concentração no soro sanguíneo e principal responsável pelo desencadeamento de reações alérgicas), quanto pela utilização de alérgenos (substâncias que podem induzir reações de hipersensibilidade) no diagnóstico. O diagnóstico molecular é muito mais preciso do que os outros métodos, diminuindo assim a probabilidade de resultados incorretos.

A possibilidade de produzir e utilizar alérgenos, que mantém as propriedades das proteínas naturais que desencadeiam as reações alérgicas, aumenta a sensibilidade aos testes diagnósticos.
É importante conhecer a estrutura da proteína e a família a que o componente alérgeno pertence, bem como a sua estabilidade ao calor e à digestão, porque estas características podem afetar a tolerância a diferentes alimentos e a gravidade das reações clínicas. Alguns alimentos alergênicos podem ser tolerados crus, outros precisam ser cozidos. Alguns alérgenos darão origem a reações clínicas, que variam de leve, moderada a grave, enquanto outros causarão sensibilização sem reação clínica.

Uma das utilidades clínicas do diagnóstico molecular na alergia é a sua capacidade de revelar alérgenos aos quais os pacientes estão sensibilizados, incluindo identificar se a sensibilização é genuína (possuem sítios de ligação – epítopos – específicos para determinada espécie) ou se é devido à reatividade cruzada (proteínas com estruturas semelhantes), o que pode ajudar na avaliação do risco da reação. A escolha de quais componentes alérgenos testar deve ser baseada na história clínica, exame físico, resultados anteriores e outros fatores, como idade, geografia e exposição, entre outros.

Outra área de pesquisa é a que busca estabelecer se o diagnóstico molecular pode fornecer uma indicação quanto às chances de desenvolvimento de tolerância, ou se a alergia será persistente (por exemplo, se um paciente está sensibilizado para ovomucóide – proteína presente na clara do ovo -, a probabilidade de possuir alergia persistente ao ovo aumenta).
O diagnóstico molecular também pode ser uma ferramenta para a adaptação do tratamento de acordo com as particularidades de cada paciente, abrindo a possibilidade de personalizar as ações a serem tomadas. Algumas das ações individualizadas incluiriam redução da exposição às substâncias causadoras da reação, seleção de alérgenos adequados para imunoterapia específica (ITE) ou a necessidade de realizar desafios alimentares (dieta de eliminação – teste de alergia).