Um teste positivo indica a presença do genoma, mas não obrigatoriamente doença em atividade. Pacientes tratados podem apresentar reação positiva por até 6 meses após início do tratamento. Este exame não pode ser utilizado como monitoramento terapêutico. Um teste negativo não afasta o diagnóstico de infecção por M.tuberculosis. O teste é específico para M.tuberculosis, não sendo portanto positivo nos casos de infecção por outras espécies, como por exemplo M.kansasii, cujo quadro clínico é semelhante àquele da tuberculose pulmonar. Teste negativo, com exame direto positivo, descarta M.tuberculosis com 98,1% de precisão. Uma indicação precisa para uso clínico do teste é a confirmação ou exclusão de diagnóstico de tuberculose urinária quando o exame direto mostrar-se positivo. Deve ser sempre utilizado como confirmação de positividade das amostras com 1+ no exame direto.