A detecção do genoma de Pneumocystis carinii indica a presença deste fungo no espécime clínico investigado, entretanto os resultados do teste devem ser usados em conjunto com dados clínicos e outros exames radiológicos. É uma infecção oportunista em imunocomprometidos, sobretudo naqueles com AIDS, ocorrendo freqüentemente em pacientes com contagem de linfócitos CD4+ inferior a 200 células/mm3. Dispnéia, tosse e febre por dias a semanas são os achados comuns da forma de apresentação pulmonar da pneumocistose. A insuficiência respiratória aguda com necessidade de suporte ventilatório ocorre em cerca de 20% dos casos. O quadro radiológico é heterogêneo, usualmente com infiltrado intersticial bilateral.