Esta técnica é menos conhecido e menos frequentemente indicada que o estudo do sêmen. No entanto, ensaio de fragmentação do DNA é um teste fundamental e complementar para o etudo do sêmen. Este teste mede o estado do DNA do esperma. A cabeça do esperma contém o DNA que é o capital genético do indivíduo. Corresponde à fragmentação de cadeias no DNA. A um nível baixo, estas quebras estão dispostas no oócito após fertilização. Para além de um certo nível de quebras, o processo de reparação não pode ser realizada de forma satisfatória para permitir o desenvolvimento embrionário normal.