A presença do DNA do vírus da Hepatite B, avaliada pela técnica de PCR é o indicador mais sensível da replicação viral. O exame auxilia na terapia antiviral ou imunomoduladora, bem como no monitoramento terapêutico. A quantificação da carga viral é importante no acompanhamento de pacientes submetidos ao tratamento antiviral, permitindo avaliar precocemente sua resposta. Previamente ao tratamento, a determinação da carga viral pode ser utilizada como prognóstico de resposta ao tratamento. Pacientes submetidos a tratamento com Lamivudina devem ter sua resposta monitorada pela pesquisa quantitativa do DNA viral, pois nestes casos o uso do AgHBe é muito questionável.